Der 1490 bis 1497 von einem unbekannten Meister geschaffene Flügelaltar zählt zu den Hauptwerken der Gotik im deutschsprachigen Raum - ein Altar, bei dem der große Reichtum im Einzelnen liegt.

Faszinierend für den Betrachter sind die liebevollst ausgeführten Einzelheiten. Keine Figur zeigt das gleiche Gewand, alle Gerätschaften wurden bis ins Detail ausgeführt. Neben dem Altar Michael Pachers in St. Wolfgang und dem Marienaltar des Veit Stoß in Krakau zählt er zu den drei großen Altären am Ende des 15. Jahrhunderts. Im Schrein des 13,5 m hohen, aus Lindenholz gefertigten Altars stehen überlebensgroß die Statuen des heiligen Petrus, des heiligen Wolfgang und des heiligen Christophorus, getragen von reich geschmückten Konsolen und bekrönt von Baldachinen. Die beiden Flügel zeigen Szenen aus dem Leben Mariens. In den Jahren 1852 bis 1855 wurde der schon von Holzwürmern befallene und mit Leimfarbe bestrichene Altar auf Initiative des Dichters Adalbert Stifter, der auch Konservator war, gerettet. Dabei wurde am Altar doch einiges von den Bildhauern Johann und Josef Rint verändert, die als echte Vertreter des 19. Jahrhunderts die Dinge mit anderen Augen sahen, als wir sie heute sehen. Das Ergebnis der Restaurierung ist deshalb umstritten, besonders das Entfernen der Farben. Die freigelegte Maserung des Holzes lässt jedoch an manchen Tagen die Gestalten besonders plastisch erscheinen und scheint sie mit einer Wärme zu erfüllen, sodass man glaubt, sie würden lebendig vor einem stehen.